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企业个税被申诉后如何处理需要准备与该自然人有关的资料，去税务局提供说明，如果该自然人确实是属于本公司员工，则提供该员工的工资表及发放工资的单据；如果该自然人不是公司员工，则需要调整申诉年度企业的利润，补缴该年度的企业所得税。
法律依据：
《企业所得税法》第五条
企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
《企业所得税法》第六条
企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。包括：
（一）销售货物收入；
（二）提供劳务收入；
（三）转让财产收入；
（四）股息、红利等权益性投资收益；
（五）利息收入；
（六）租金收入；
（七）特许权使用费收入；
（八）接受捐赠收入；
（九）其他收入。
