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如果商标使用许可合同未报商标局备案，不影响该许可合同的效力，但当事人另有约定的除外。也就是说，在确认商标使用许可合同的效力时，不因未办理备案手续，就确认该使用许可合同无效但当事人双方在合同中约定办理备案手续方能生效的，应当依照约定处理，确认该许可合同无效。相关司法解释规定，没有办理备案手续的商标使用许可合同，不能对抗善意第三人。
所谓善意第三人，是指对该未备案商标使用许可合同不知情(不知道、不应当知道)的人。不能对抗，是指在先订立的没有办理备案的商标使用许可合同的效力，不能抵抗善意第三人与注册商标人之间就该商标在后所订立合同的效力。也就是说，善意第三人的合法权益应当依法受到保护。比如，甲和乙签订了商标使用许可合同，约定由乙方独占使用该商标，但是没有向商标局办理备案。之后，甲方又和丙方签订了普通的商标使用许可合同，并向商标局办理了备案。那么虽然乙方依据合同有权独占使用商标，但由于其没有备案，因此，不能依据其与甲方签订协议要求确认甲方与丙方签订的合同无效。
根据司法解释，如果商标使用许可合同未报商标局备案，不影响该许可合同的效力，但当事人另有约定的除外。也就是说，在确认商标使用许可合同的效力时，不因未办理备案手续，就确认该使用许可合同无效，但当事人双方在合同中约定办理备案手续方能生效的，应当依照约定处理，确认该许可合同无效。
相关司法解释规定，没有办理备案手续的商标使用许可合同，不能对抗善意第三人。所谓善意第三人，是指对该未备案商标使用许可合同不知情(不知道、不应当知道)的人。不能对抗，是指在先订立的没有办理备案的商标使用许可合同的效力，不能抵抗善意第三人与注册商标人之间就该商标在后所订立合同的效力。也就是说，善意第三人的合法权益应当依法受到保护。
比如，甲和乙签订了商标使用许可合同，约定由乙方独占使用该商标，但是没有向商标局办理备案。
之后，甲方又和丙方签订了普通的商标使用许可合同，并向商标局办理了备案。那么虽然乙方依据合同有权独占使用商标，但由于其没有备案，因此，不能依据其与甲方签订协议要求确认甲方与丙方签订的合同无效。
商标独占使用许可是指商标注册人在其商标专用权范围内，仅将该商标许可个被许可人使用，自己也放弃商标使用权的商标使用许可。独占使用许可的被许可人在许可合同有效期内可以作为商标权利人以自己的名义向工商行政管理机关投诉。
