公司上市时商标权应当采取下列办法进行处理：依法应当随同进入上市公司。公司应当在批准股票发行前办理相应手续，并在招股说明书中充分披露商标权的情况。公司申请上市发行股票时，商标权的取得或者使用不得存在重大不利变化的风险。法律依据：《首次公开发行股票并上市管理办法》第三十条 发行人不得有下列影响持续盈利能力的情形：
（一）发行人的经营模式、产品或服务的品种结构已经或者将发生重大变化，并对发行人的持续盈利能力构成重大不利影响；
（二）发行人的行业地位或发行人所处行业的经营环境已经或者将发生重大变化，并对发行人的持续盈利能力构成重大不利影响；
（三）发行人最近1个会计年度的营业收入或净利润对关联方或者存在重大不确定性的客户存在重大依赖；
（四）发行人最近1个会计年度的净利润主要来自合并财务报表范围以外的投资收益；
（五）发行人在用的商标、专利、专有技术以及特许经营权等重要资产或技术的取得或者使用存在重大不利变化的风险；
（六）其他可能对发行人持续盈利能力构成重大不利影响的情形。
