电子商务物流管理和任何管理活动一样，其职能包括组织、计划、协调、指挥、激励、控制和决策。
1、组织职能。主要工作内容有：确定电子商务物流系统的机构设置、劳动分工和定额定员；配合有关部门进行物流空间组织和时间组织的设计；对电子商务物流中的各项职能进行合理分工，使各个环节的职能进行专业化协调。
2、计划职能。主要是编制和执行年度电子商务物流的供给和需求计划，月度供应作业计划，电子商务物流各环节的具体作业计划（如运输、仓储等），物流营运相关的经济财务计划等。
3、协调职能。 这对电子商务物流尤其重要，除电子商务物流业务运作本身的协调功能外，更需要进行物流与商流、资金流、信息流之间的协调，才能保证电子商务用户的服务要求。
4、指挥职能。物流过程是物资从原材料供应者到最终消费者的一体化过程，指挥就是物流供应管理的基本保证，它涉及物流管理部门直接指挥下属机构和直接控制的物流对象，如产成品、在制品、待售和售后产品、待运和在运货物等。
5、控制职能。由于电子商务涉及面广，其物流活动参与人员众多、波动大，所以物流管理的标准化、标准的执行与督查以及偏差的发现与矫正等控制职能应具有广泛性和随机性。
6、激励职能。 主要是电子商务物流系统内职员的挑选与培训、绩效的考核与评估、工作报酬与福利、激励与约束机制的设计。
7、决策职能。电子商务物流管理的决策更多与物流技术挂钩，如库存合理定额的决策以及采购量和采购时间决策。
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