国家商标主管机关简称国家主管机关，是指本协定成员国的政府指定本国负责商标注册的机关，或者是指由本协定几个成员国政府共同指定的负责商标注册的机关。从各有关国家主管机关的情况来看，除比荷卢商标局由比利时、荷兰、卢森堡三国政府共同指定的本国负责商标注册的机关以外，其余均为各成员国政府指定的本国负责商标注册的机关。
各国家主管机关在马德里协定成员国中只能有一个，其职能是负责或主管商标国际注册，我国商标主管机关是国家工商行政管理局商标局，它是由我国政府指定的唯一负责商标国际注册工作的官方机构。各国家商标主管机关的职能主要是：
(1)受理国际局转来的领土延伸的申请。凡申请领土延伸至马德里某成员国的，按照有关规定，其申请一律由国际局转到该国商标主管机关，并由该主管机关受理。例如，德国某公司申请一商标领土延伸至我国，国际局将该申请转到我国商标主管机关商标局，收到申请后，商标局开始受理。
(2)向国际局转送国际注册申请。原属国的商标所有人申请其商标领土延伸至马德里协定有关成员国的，必须通过原属国商标主管机关，向国际局提交申请。在这里面，商标主管机关起到了转送商标领土延伸申请的作用。
(3)商标国际注册代理人
商标申请人在申请商标国际注册时，可以直接到原属国主管机关办理，也可以委托代理人代理。一般来讲，如果申请人自己有能力办理申请的，都愿意直接到国家主管机关提交申请如果申请人无能力办理的，则可以委托代理人代理。代理人在马德里商标国际注册体系中是指受商标国际注册申请人委托，代理国际注册有关事宜的机构，代理人往往以律师事务所、专利律师事务所或法律事务所的形式出现。
