企业在新三板挂牌上市的过程，大致分为以下几个阶段：
(一)尽职调查阶段
在此阶段，主办券商、会计师事务所、律师事务所等中介机构要进驻拟挂牌企业，对企业进行初步的尽职调查后，讨论、确定重大财务、法律等问题的解决方案、股份公司设立前的改制重组方案及股份公司设立方案，确定挂牌工作时间表。
主办券商及律师事务所应当建立尽职调查工作底稿制度，对拟挂牌企业的财务状况、持续经营能力、公司治理结构及合法合规事项进行详细的尽职调查，并在尽职调查完成后出具尽职调查报告，对下列事项发表独立意见：公司控股股东、实际控制人情况及持股数量；公司的独立性；公司治理情况；公司规范经营情况；公司的法律风险；公司的财务风险；公司的持续经营能力；公司是否符合挂牌条件。
(二)改制重组阶段
企业改制重组是挂牌上市的关键环节，改制重组是否规范直接决定了企业能否在新三板成功挂牌。企业改制重组涉及管理、财务、法律等诸多问题，需要主办券商、会计师事务所、律师事务所等中介机构的共同参与方能圆满完成。
公司在改制重组过程中应遵循以下五个基本原则：形成清晰的业务发展战略目标，合理配置存量资源；突出主营业务，形成核心竞争力和持续发展的能力；避免同业竞争，规范关联交易；产权关系清晰，不存在法律障碍；建立公司治理的基础，股东大会、董事会、监事会以及经理层的规范运作。
(三)推荐挂牌阶段
各中介机构应当出具《股份报价转让说明书》、《审计报告》、《法律意见书》等备案材料，拟挂牌企业应当获得有关主管部门的试点资格确认函。
主办券商内核机构召开内核会议，对备案文件进行审核并形成内核意见，主办券商根据内核意见决定是否向证券业协会推荐公司挂牌，决定推荐的，出具推荐报告，并向证券业协会报送备案文件。
(四)股份挂牌前准备阶段
公司股份正式挂牌前，应当与证券登记结算机构(中国证券登记结算有限责任公司)签订证券登记服务协议，办理全部股份的集中登记。投资者持有的非上市公司股份应当托管在主办券商处。初始登记的股份，托管在推荐主办券商处。主办券商应将其所托管的非上市公司股份存管在证券登记结算机构。
挂牌报价转让前，挂牌公司应披露股份报价转让说明书及其附件(包括《公司章程》、《审计报告》、《法律意见书》、《试点资格确认函》)，推荐主办券商应在挂牌公司披露股份报价转让说明书的同时披露推荐报告。
(五)股份上市交易。
