1、农产品商标的历史相对较短
商标的使用历史最早可以追溯到远古时代，在漫长的历史发展过程之中，商标的使用范围在不断的扩大，其最初主要用在工业品上，后来农产品也开始使用商标。农产品虽然和工业品相比具有更悠久的历史，但其使用商标的历史则远远短于工业品。商标的雏形是远古时期使用于手工业制品上的各种标记，我国在战国时期已经在陶器上使用印记，而古埃及、巴比伦、古罗马等文明古国也很早就在手工业品上使用各种标记。现代意义上的商标产生以后，它普遍被视为工商业标记，商标权在早期也只是作为一种工业产权受到法律的保护。
农产品商标历史较短的这一特点在实践中产生了一系列的问题。其中很重要的一个问题就是农产品商标意识的缺乏，工业品的生产销售者很早就懂得的重要性，并积极通过广告宣传等手段不断增加商标这一无形资产所负载的价值，但长期以来，很少有人认为商标对农产品也具有重大的意义，广大的农业生产和销售者缺乏对农产品商标的培育和保护意识。同时，农产品使用商标历史较短这一特点还造成了农产品商标制度不健全、保护体系不完备等问题。
2、地理标志在农产品商标中占据很大比重
在农产品商标中，地理标志占据着很大的比重，这在其他类别的商品商标中是很少见的。产生这种情况的原因主要是，农产品特色的形成有赖于当地的自然环境，比如有“金殿御菜”之称的洪山菜苔，生长于洪山宝塔和南湖之间的洪山乡境内，它特色的形成依赖于当地独特的地理和气候条件。据说能够听到宝通禅寺钟声的地方出产的洪山菜苔最为地道，超出此范围则菜苔的颜色变淡，味道也变差了。许多农产品都是这样，离开当地的水土，就无法形成其特色，既然只有此地才可出产，那么以当地的地名为商标便是再合适不过的了。
3、多数农产品商标申请人与使用人不一致
农产品商标的这一特点是由我国的农业生产方式所决定的。在我国绝大部分地区，农业生产基本以家庭为单位，生产分散，规模小，我国的农户户均只有几亩地。个体农户势单力薄，单独为自家小块土地的出产去申请商标，不仅困难重重，而且也确无必要。在实践中，农产品商标的申请工作多半是由农产品协会、地方政府农业管理部门、农产品批发市场来完成。如此一来，除了有一定规模可自行申请、自行使用商标的农业企业以外，农产品商标的申请人和使用人基本上是不一致的。但是，农产品商标的这一特点也导致了一些问题，一方面商标的申请人申请商标不为自己所用，而是由许多户极其分散的农户使用，这给商品质量的监督带来了很大的困难，另一方面，商标的使用人使用的不是自己申请的商标而且该商标往往不是专属于自己使用，其难有保证商品质量的积极性和主动性。这样就有可能导致使用同一商标的农产品的质量良莠不齐，甚至整体下滑。
