侵犯商业秘密罪与假冒注册商标罪、假冒专利罪、侵犯著作权罪有相似之处,都侵犯了知识产权,主要区别在于:首先,侵犯商业秘密罪侵犯的是商业秘密;而其他犯罪侵犯的是商标权、专利权与著作权。其次,侵犯商业秘密罪行为主要表现为以不法手段获取商业秘密,或者非法披露、使用或允许他人使用商业秘密;而其他犯罪主要表现为假冒行为。对于以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取他人商业秘密,然后使用该商业秘密制造产品并假冒他人注册商标的,原则上应以数罪论处。对于单纯非法使用他人商业秘密制造产品并假冒他人注册商标的,应认定为一行为触犯了数罪名,以一个重罪论处。
公司、企业工作人员因为职务或者业务知悉商业秘密内容后,擅自将商业秘密出卖给他人,并将非法所得据为已有或者使第三者所有的,似应根据情节与主体身份,认定为贪污罪或者职务侵占罪。