同业存单的发行利率、发行价格等以市场化方式确定。其中，固定利率存单期限原则上不超过1年，为1个月、3个月、6个月、9个月和1年，参考同期限上海银行间同业拆借利率定价。浮动利率存单以上海银行间同业拆借利率为浮动利率基准计息，期限原则上在1年以上，包括1年、2年和3年 。 社科院金融研究所银行研究室主任曾刚向腾讯财经指出，同业存单以Shibor为基准来定价，能够促进Shibor本身的完善。 不过，曾刚也表示，Shibor目前的问题主要是以它为基础来定价的产品不够多，因此不能准确反映资金的供求状况。 但是“如果以Shibor定价的工具越来越多的话，那么Shibor本身作为基准利率也就更加有效。 ” 国泰君安研报指出，目前3个月以上的同业拆借或回购成交稀少，导致Shibor无法体现市场供需的真实水平。 一位政策性银行金融市场部人士表示，存单的利率还是应该更靠近同期限国债利率，而非3个月期的Shibor。因为同业融资业务是长期限的业务，但Shibor目前还是一个短期限的流动新工具。 但由于目前国债收益率曲线也不完善，所以央行决定以Shibor为基准来定价，在实践中探索，也未尝不可。
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