农民合作社财政补助资金的项目用途主要分两类：一类是使用财政补助资金取得固定资产、农业资产、无形资产等；一类是使用财政补助资金开展信息、培训、农产品质量标准与认证、农业生产基础设施建设、市场营销和技术推广等支出。
农民合作社在收到各级财政补助资金时，借记“银行存款”、“库存现金”，贷记“专项应付款”。 按照财政补助资金用途主要分两类介绍会计账务处理，具体会计实务如下：
1、农民合作社使用财政补助资金取得固定资产、农业资产、无形资产等时，按实际支出，借记“固定资产”、“牲畜（禽）资产”、“林木资产”、“无形资产”等科目，贷记“库存现金”或“银行存款”等科目，同时，借记“专项应付款”科目，贷记“专项基金”科目。 。
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