超过注册资本部分可以计入借款。实际出资超过注册资本的合法做法如下：
1、修改公司章程、变更注册资本，就是增资。
2、不更改章程、注册资本，出资额超出注册资本部分作为资本公积-股本溢价处理，公司清理前，超出部分不退回给股东。
3、不更改章程、注册资本，超出部分作为公司向股东的借款，计入往来科目，超出部分可以退换给股东。
【法律依据】
《公司法》第二十六条规定，有限责任公司的注册资本为在公司登记机关登记的全体股东认缴的出资额。 法律、行政法规以及国务院决定对有限责任公司注册资本实缴、注册资本最低限额另有规定的，从其规定。
